L'archipel de Zanzibar est soumis à un climat équatorial caractérisé par deux saisons des pluies : la plus importante (masika) se déroule de mars à fin mai et la plus petite (vuli) de mi-octobre à décembre. Entre les deux s'installe une saison sèche principalement de juin à octobre. Le mois de février est le plus chaud et celui d'août le plus frais. Les îles étant trop proches de l'équateur, elles ne sont pas soumises au passage des cyclones.