Pays de hauts plateaux, le Shire Highlands au sud et le Nyka Uplands au nord, le Malawi culmine à 3 048 m avec le mont Mulanje.

Le Grand Rift traverse le pays du nord au sud. Dans cette dépression se trouve le lac Malawi, le troisième plus grand lac d'Afrique ; sa superficie couvre environ 20 % du pays.

A l'extrémité méridionale du lac prend naissance le fleuve Shire, qui se jette dans le Zambèze 400 km plus au sud, au Mozambique.
À l'est et à l'ouest le Grand Rift est surplombé par de vastes et hauts plateaux s'élevant de 900 à 1 200 mètres au-dessus du niveau de la mer.

Au nord, le Nyika Uplands (haut plateau) culmine à 2 600 m ; le Shire Highlands, de 600 à 1 600 m, est dominé par les monts Zomba et Mulanje culminant respectivement à 2 130 et 3 048 m.

A l'extrême sud du pays, la plaine s'étend de 60 à 90 m au-dessus du niveau de la mer.
C'est là que se trouve la plus importante densité de population de l'Afrique subsaharienne. Lilongwe (capitale depuis 1971) compte plus de 400 000 habitants.
Blantyre, principale place commerciale, abrite le siège de la Cour Suprême du pays (la population est passée de 109 000 habitants en 1966 à 500 000 en 1998).

Les îles Likoma et Chizumulu appartiennent au Malawi bien qu'elles se trouvent dans les eaux territoriales du Mozambique où elles forment une enclave.