L'Union des Comores est un État africain souverain sur les trois quarts ouest de l'archipel des Comores, situé dans l'Océan Indien au nord de Madagascar qui exerce une revendication territoriale sur le quart restant. Cependant, l'administration effective de ce dernier lui échappe au profit de la République française, qui considère Mahoré, Pamanzi et les îlots environnants comme étant la collectivité d'outre-mer de Mayotte.

À ce titre, on distingue généralement la géographie de l'Union des Comores de la géographie de Mayotte.

Îles principales ;

Grande Comore, Anjouan, Mohéli

(Cet archipel est situé à l'extrémité nord du canal de Mozambique, entre le Mozambique et l'île de Madagascar).

Les îles sont connues par leurs noms français, mais elles sont nommées par le gouvernement Comorien avec leurs noms swahili : Ngazidja (Grande Comore), Mwali (Mohéli), Nzwani (Anjouan).

Les trois îles comoriennes ont une superficie de 2 170 km².

Ngazidja est l'île située la plus au nord-ouest de l'archipel, elle est distante de 40 kilomètres de Mwali, 80 kilomètres de Nzwani et 200 de Mayotte.

Le manque de bonnes installations portuaires rend le transport et les communications difficiles.

Le Karthala, sur la Grande Comore, est le point culminant de l'archipel avec 2 316 m.

Du 17 au 19 avril 2005, le volcan a rejeté des cendres et du gaz forçant plus de 10'000 personnes à s'enfuir.
Ngazidja ou Grande Comore est la plus grande île, elle mesure 77 km de long et 27 km de large pour une superficie de 1 146 km².

Il s'agit de l'île la plus jeune de l'archipel, elle est d'origine volcanique.

Deux volcans forment la topographie de l'île.

La Grille au nord avec une altitude 1 087m est en grande partie disparue et l'érosion, le Karthala au sud (2'361 m) dont la dernière éruption remonte en 1977.

Un plateau, d'une altitude moyenne de 600 à 700 mètres, relient les deux montagnes.

Du fait que N'jazidja soit géologiquement relativement jeune, son sol est mince et rocailleux et ne peut retenir l'eau. Ainsi les ressources hydriques de l'île sont constituées par le stockage de l'eau dans des réservoirs au cours des épisodes de fortes pluies.

Sur les pentes du Karthala se trouve de vastes forêts pluviales.

L'île ne présente pas de récifs coralliens et dépourvu de bons ports pour les navires. Moroni, la capitale des Comores depuis 1962, est située sur N'jazidja.

Nzwani ou Anjouan a une superficie de 424 km², elle est de forme triangulaire, mesurant 40 km du sommet à la base.

Trois ensembles montagneux se dégagent du relief. Le Mtingui, à 1'575 m, est le plus haut sommet de l'île.

Nzwani est plus âgée que N'jazidja, la couverture du sol est plus profonde, cependant la surexploitation a causé une érosion prononcée.

Un récif de corail se trouve à proximité de la rive, la capitale de l'île est Mutsamudu, son principal port.

Mwali ou Mohéli a une superficie de 290 km², elle est mesure 30 kilomètres de long et 12 kilomètres de large.

Elle est la plus petite des quatre îles et dispose d'une chaîne de montagnes centrale atteignant 860 mètres de haut.

Comme N'jazidja, Mwali a gardé une forêt pluviale.

La capitale est Fomboni.

Les eaux comoriennes sont l'habitat du coelacanthe, un poisson rare avec nageoires ressemblant à des pattes et squelette cartilagineux.

Des fossiles de ce poisson ont été datés jusqu'à 400 millions d'années.

Un spécimen vivant a été capturé en 1938 au large de l'Afrique australe, d'autres coelacanthes ont depuis été retrouvés dans les environs des Comores.

Plusieurs mammifères sont endémiques îles elles-mêmes.

Mayotte est composée de plusieurs îles et îlots couverts d'une végétation exubérante, les deux plus grandes sont Grande Terre et Pamandzi (ou Petite Terre) entourées d'un lagon de 1 100 km² (un des plus grands du monde) formé par un récif de corail de 160 km de long, qui entoure la quasi totalité de l'île à l'exception d'une douzaine de passes, dont une à l'Est appelée Passe en S. Le lagon est parsemé d'une centaine d'îlots coralliens dont certains comme M'Zamboro sont de toute beauté.

Les îles qui forment Mayotte sont géologiquement les plus anciennes des archipel des Comores.

Leur âge va en décroissant du sud-est (Mayotte) au nord-ouest (Grande Comore), bien que l'on observe tant sur la Grande Terre que sur l'îlot de Pamandzi, des appareils très récents (maars). L'ensemble insulaire est un vaste bouclier volcanique de laves alcalines avec extrusions phonolitiques comme à Choungui dont un cinquième est encore émergé.

Le centre de l'appareil se situe en mer, à l'ouest.

Une subsidence importante a eu lieu, permettant notamment l'implantation d'une couronne récifale exceptionnelle autour des reliefs résiduels.