Funchal, principale ville et port de la côte sud. Elle est distante d'environ 660 km de la côte africaine, 980 de Lisbonne, 400 de Gran Canaria (Capitale des Canaries), et 880 de Santa Maria, la plus proche des Açores.
L'île principale, montagne d'origine volcanique coupée de profondes vallées descendant vers l'océan, a une forme allongée d'est en ouest : sa longueur est d'environ 55 km, sa largeur de 24 km, le développement de ses côtes est de 160 km. L'altitude moyenne est de 1300 mètres, les points culminants sont le Pico Ruivo (1862 mètres), le Pico das Torres (1850 mètres) et le Pico do Arieiro (1818 mètres).
Les côtes sont en général abruptes et découpées, et les plages de sable fin sont rares.
À l'est, la Ponta de São Lourenço forme un cap effilé et relativement peu élevé qui se prolonge par deux îlots.
Sur la côte sud, à l'ouest de Funchal s’élève le cabo Girao, l'une des plus hautes falaises du monde.

La laurisilva, forêt de lauriers qui couvrait l'île avant sa colonisation et qui lui a donné son nom (Madeira signifie « bois » en portugais), a été presque entièrement brûlée par les premiers colons, et seules quelques surfaces dans les vallées au nord de l'île ont été préservées.
Elle a été inscrite au patrimoine mondial de l'UNESCO en 1999.
Mais la forêt a repoussé depuis et des essences européennes et tropicales apportées par les colons cohabitent avec des espèces endémiques.
Le sol volcanique très fertile et l'humidité en montagne favorisent la croissance d'une végétation exubérante, y compris sur des pentes presque verticales.